Probablemente habitado desde a prehistoria e durante a romanización da Península Ibérica, non existe documentación sobre a presenza do home neste espazo ata o século XII, cando se confirma a existencia dun mosteiro fundado pola Orde do Temple, que permanecerá asentada na illa ata o século XIII.
A partir dese momento, tres son os períodos máis destacados na historia de San Simón, e absolutamente diferentes entre si.
Dos asentamentos relixiosos que aloxaron na época medieval e as incursións corsarias e batallas navais que sufriron en séculos posteriores, as illas pasaron a converterse nun lazareto marítimo, o que supuxo unha transformación absoluta da súa fisionomía e propiciou un gran desenvolvemento do porto de Vigo.
A principios do século XX, tras o peche definitivo do arquipélago como espazo de corentena, de illamento para enfermos infecciosos e de repouso de convalecentes, abriríase o capítulo máis amargo da súa historia, o da reclusión de presos políticos.
Tendo sempre presente a homenaxe que se lles debe aos represaliados que sufriron o horror da Guerra Civil e a posguerra españolas, este negro episodio non debe desvirtuar a verdadeira identidade destas illas como fonte de inspiración, terra de intercambio e diversidade cultural e motor económico para o seu contorno. Un pasado milenario que deu paso a un presente enchido de promesas de novo esplendor, neste caso presididas polo pensamento, o noso principal patrimonio.